Здравствуйте, cataway.
Если до определенного момента никаких проблем при работе сервера сетевых ключей не наблюдалось, то вероятнее всего в программной среде компьютера, где он установлен (или компьютеров где запускается и работает защищенное приложение) и/или внутри ЛВС производились какие либо изменения (например, установка дополнительных средств проактивной защиты или изменение настроек маршрутизации в ЛВС, и.тп), которые могли повлиять на нормальную работу сервера сетевых ключей. Также это может быть результатом каких либо сбоев в работе компьютера на котором сервер установлен (например, с ним периодически пропадает сетевое соединение).
В первую очередь в такой ситуации нужно перенести сервер сетевых ключей и сам ключ на другой компьютер и проследить за его поведением.