try-catch естественно используются, однако до него исключения не доходят по той причине, как я писал, что они обрабатываются внутри вашей виртуальной машины и не перебрасываются в управляемый код.
По стеку четко видно, что исключения обрабатываются внутри VM!VM.VirtualMachine.Inject(string methodID), которая отображает окошко с ошибкой и подавляет исключение.

При тестировании у себя мы с таким поведением .Net-автозащиты не сталкивались.
Пришлите, пожалуйста, нам на почту ( hotline@guardant.ru ) дополнительные данные (со ссылкой на данную тему форума), а именно:

• Пример тестового приложения (с исходниками), для которого проявляется указанное поведение;

• *nsd-файл маски, прошиваемой в тестируемый электронный ключ Guardant;

• Cкриншот отчета утилиты диагностики Guardant (Пуск/Панель управления/Драйверы Guardant/кнопка "Диагностика"/кнопка "Полный отчет") для тестируемого ключа.

try-catch естественно используются, однако до него исключения не доходят по той причине, как я писал, что они обрабатываются внутри вашей виртуальной машины и не перебрасываются в управляемый код.
По стеку четко видно, что исключения обрабатываются внутри VM!VM.VirtualMachine.Inject(string methodID), которая отображает окошко с ошибкой и подавляет исключение.

Опция /SILENT позволяет скрывать именно сообщения от автозащиты Guardant, но не системные.

Для того, чтобы обрабатывать подобные исключения (от Framework'а), помимо опции .Net-автозащиты /EXCEPT, необходимо использовать соответствующий механизм (try-catch) в своем приложении.

Пробовал накладывать автозащиту на .NET-сборку с помощью CodeProtect.exe с опциями /SILENT и /EXCEPT.
В итоге при отсоединении ключа при попытке обратиться к защищенным функциям вылезает окно VM Exception с сообщением о том, что в виртуальной машине вылетело GUARDANT_EXCEPTION. И это несмотря на то, что был задан "тихий" режим работы. Без опции /SILENT тоже отображается окошко, но уже другое, с описанием ошибки.

Отсюда вопрос: имеется ли возможность перебрасывать исключения в вызвавший код без вывода сторонних окошек?