Есть 2 независимых продукта, в одном шифруем собранные данные ключом для него, клиентская часть должна через клиентский ключ декодировать собранные данные и обработать их.
Клиентская часть использует другую серию ключей).  Вопрос в чем, можно ли осуществить такое на ключах стелс2/3 или переводить все на AES ?

Если Вы являетесь разработчиком данных программ то подобную задачу можно реализовать при помощи алгоритма GSII64 (для ключей Stealth II и Stealth III), при условии использования полностью идентичных определителей и векторов инициализации при шифровании и дешифрировании данных.

Правильно ли я понимаю, что Вы занимаетесь разработкой собственного ПО и защищаете различные свои продукты (или версии) нашими ключами с разными кодами доступа?
Или Вы просто приобрели два различных (от разных разработчиков) программных продукта и опасаетесь что некоторые секретные данные, используемые одной программой, могут, как то "засветиться" в другой программе?

В нормальном случае обновление драйвера никак не вредит (а даже наоборот, рекомендуется его периодически обновлять) нормальной работе ключей и ПО ими защищенного, хотя бывают экстравагантные случаи, когда разработчики защищенного программного продукта (в вашем случае это ПО «gemma 3d v10» и «базис мебельщик 70») осуществляют привязку своих программ к конкретным версиям драйвера Guardant (тут нужно уточнять у самих разработчиков защищенного ПО).

Обратите также внимание на то, что обновление драйвера лучше производить по следующей схеме:
1) Отсоединить от целевого ПК все ключи;
2) Стандартным способом (из панели управления Windows) удалить драйвер;
3) Перезагрузить компьютер;
4) Установить новый драйвер;
5) Подсоединить ключ/и.