В нормальном случае такое поведение защищенного приложения у нас не воспроизводится.
Пришлите, пожалуйста, нам на почту (hotline@guardant.ru) тестовое приложение, *.bat-файл со всеми параметрами автозащиты и *.nsd-файл маски, прошиваемой в тестовый ключ.

Вставляю ключ Sign, запускаю программу, извлекаю ключ из порта, после чего программа выдаёт сообщение "Guardant dongle not found. Make sure...". После нажатия на "Ok" программа не завершается а сворачивается в нижний левый угол экрана (защита уменьшает размеры формы в минимум и перемещает ее), но сама программа и все ее потоки продолжают функционировать.

Перепробовал разные комбинаций опций /USB_DONGLE_CONTROL /T /RC и /EXIT_DELAY, но ничего не помагает - программа продолжает работать в свернутом виде.

В документации написано:

/USB_DONGLE_CONTROL
Опция позволяет защищенному приложению отслеживать присутт
ствие локального USBBключа Guardant в порту компьютера. Если в
процессе работы приложения ключ извлекается из порта, то вывоо
дится соответствующее сообщение, и приложение реагирует, как
это указано в описании опции /RC.

Читаем /RC:
Если в процессе работы защищенного приложения ключ не будет
обнаружен, то можно проверять его наличие и выводить сообщее
ние об отсутствии ключа заданное число раз. Для этого служит опп
ция /RC[=x], где x   число проверок ключа.
Применение этой опции дает возможность пользователю сохраа
нить наработанные данные и корректно завершить работу с прии
ложением, например, в случае выхода ключа из строя.
Если опция не указана, сообщение будет выводиться 50 раз.
При отсутствии ключа на экран выводится диалог с сообщением и
кнопками  [Retry] и [Cancel]. После нажатия [Retry] программа
продолжает работать ~ 10 – 30 сек, а затем проверяет ключ. Если
ключ не найден, вновь выводится сообщение, если найден – прии
ложение продолжает работать в штатном режиме.
Если после заданного числа проверок ключ не будет обнаружен, то
выводится вышеописанное сообщение с кнопкой [Ok], после наа
жатия которой приложение завершает работу.

/EXIT_DELAY
Если в процессе работы защищенного приложения ключ не будет
обнаружен, то, при использовании данной опции, приложение выы
ведет на экран сообщение о принудительном завершении работы
приложения через заданное время.
Это даст возможность пользователю сохранить наработанные данн
ные и корректно завершить работу с приложением, например, в
случае выходе ключа из строя.

Используя опции /EXIT_DELAY=1 /T=5, защита через 5 мин не "завершает работу", а просто сворачивает форму приложения...

При запуске приложения без ключа защита отрабатывает корректно: не дает приложению запуститься.

Может это из-за того, что моя программа долго закрывается (до 2 сек)? А может есть еще какие-либо опции, которые нужно использовать? Или как по другому завершить приложение?

Ключ Guardant Sign
OS Windows XP SP3
Guardant DevKit 6.3