Тишина вызвана не игнорированием, а подготовкой решения проблемы :). Действительно, обнаружена ошибка в парсере командной строки, приводящая к некорректной обработке относительных путей в некоторых случаях.

Сегодня мы обновили SDK 6.3 на нашем сайте, данная ошибка исправлена.

Спасибо за сигнал!

     NwKey32.exe   /GS3S=0:::9:PublicKey.bin   /UV=15  /UN=12  /UM=0x10   /T=1  /RC=0  /EXIT_DELAY=20   ^
         /V   /ATR=2   /MSG=NWKEY32.rus.MSG   ^
         %CD%\..\..\Output\XXX.exe

отрабатывает без проблем, но, если добавить флаг /IMPORT_HOOK_LIST:

     NwKey32.exe   /GS3S=0:::9:PublicKey.bin   /UV=15  /UN=12  /UM=0x10   /T=1  /RC=0  /EXIT_DELAY=20   ^
         /V   /ATR=2   /MSG=NWKEY32.rus.MSG   ^
         /IMPORT_HOOK_LIST=XXX.piw    ^
         %CD%\..\..\Output\XXX.exe

получаем: 'Файл 'e:\x_Work\ZZZ\Install\AutoProtect\..\..\Output\XXX.exe' ERROR: Неверный формат исполняемого файла'
но если указать абсолютный путь:

     NwKey32.exe   /GS3S=0:::9:PublicKey.bin   /UV=15  /UN=12  /UM=0x10   /T=1  /RC=0  /EXIT_DELAY=20   ^
         /V   /ATR=2   /MSG=NWKEY32.rus.MSG   ^
         /IMPORT_HOOK_LIST=XXX.piw    ^
         e:\x_Work\ZZZ\Output\XXX.exe

то всё вновь OK

Каким-то образом указание *.piw файла влияет на восприятие пути к входному файлу. Хотя для любой Win32 API функции пути 'e:\x_Work\ZZZ\Install\AutoProtect\..\..\Output\XXX.exe' и 'e:\x_Work\ZZZ\Output\XXX.exe' идентичны.
Кстати, относительные путь к входному файлу при указании *.piw файла так же перестают восприниматься.